1.責令限期改正：對未建成、未經(jīng)驗收或驗收不合格即投入使用的項目，或存在其他違規(guī)行為的機構(gòu)，環(huán)保部門首先會責令其限期改正。逾期不改正的，將處以高額罰款（通常20萬至200萬元不等），并對直接負責的主管人員和其他責任人員處以罰款（通常5萬至20萬元）。

2.罰款：除逾期不改的罰款外，對于在環(huán)保設(shè)施驗收中弄虛作假的行為，一經(jīng)發(fā)現(xiàn)也直接處以罰款 。對環(huán)境監(jiān)測數(shù)據(jù)弄虛作假行為，依據(jù)具體情形依法查處 。

3.停止生產(chǎn)/使用或關(guān)閉：若違規(guī)行為造成重大環(huán)境污染或生態(tài)破壞，環(huán)保部門將責令停止生產(chǎn)或使用，甚至報請政府批準后責令關(guān)閉。

4.退還費用與罰款（針對編制單位）：對于編制單位在環(huán)評或驗收報告中的違規(guī)收費行為，環(huán)保部門會責令退還費用，并處以罰款 。

5.糾正措施與整改：機構(gòu)必須針對不合格項（如人員不足、設(shè)備不滿足、管理體系失控、環(huán)境條件不符等）進行根本原因分析，制定并落實有效的糾正措施（如人員培訓(xùn)、設(shè)備更新、環(huán)境整改、完善體系文件），提供充分證據(jù)，并需“舉一反三”防止再發(fā)生。對于嚴重不符合項（如無合法地位、人員/設(shè)備/場所嚴重不足、體系嚴重失控、嚴重違法）可能導(dǎo)致評審終止或認可暫停/撤銷 。

6.刑事責任追究：若環(huán)境檢測資質(zhì)使用違規(guī)或數(shù)據(jù)弄虛作假行為構(gòu)成犯罪，將依法追究刑事責任。

7.信息公開與舉報：要求建設(shè)單位依法公開驗收報告，未公開的將受罰 。公民、法人有權(quán)對污染環(huán)境和環(huán)保部門不依法履職的行為進行舉報 。

核心處理措施為：限期整改、高額罰款、停業(yè)關(guān)閉（嚴重時）、落實糾正措施、追究刑責（涉罪時）。